2035年、近未来の東京、軍事用ロボバイオロイドが反乱を起し政府に宣戦布告する。政府は機銃特捜課を設立、通称ガンセイバーと呼ばれる彼らはバイオロイドの始末屋としてテロリストから恐れられていた。ある日、バイオロイドの開発に関わった科学者ばかりが狙われる殺人事件が起き、ガンセイバーのレイは捜査を開始するが事件の裏にバイオロイドの設計者マスターと呼ばれる男の存在を突き止める。レイは彼を保護するため開発に深く関与している科学者を尋問しマスターの居場所を聞き出すが、その影でハーゲン軍曹の魔の手が忍びよっていた。